楔子
鴻蒙初判，清濁自分。昆侖之墟，瑤池涵光，聚天地五運之精，承六氣輪回之序。池畔生奇草，名“黃炁芝”，非木非草，非菌非苔，其根盤結如蟠龍，其葉舒展若含露，每遇子午晨昏，必有淡黃云氣縈繞葉尖，與天中土星相感，與地脈黃土相契。此芝吸太陰濕土之精，納陽明燥金之氣，得火運以溫養，賴木氣以舒展，藏水氣以潤根，恰合五行相生之妙。彼時，人間未識藥石，病者或委于溝壑，或祈于鬼神，炎帝神農氏巡于九州，見此慘狀，乃仰天嘆曰：“天地有好生之德，何以獨遺萬民？”其聲上徹云霄，竟驚動瑤池仙主。
第一卷·炎帝得芝，靈根降世
瑤池仙主感炎帝仁心，乃踏彩云見之，指池畔黃炁芝曰：“此草聚天地正氣，能補人身虧耗，然仙凡有別，若攜之人間，需褪仙骨，順四時，應人倫，方得存焉。”炎帝叩首謝恩，以玉盆承芝，攜歸中原。
歸途中，黃炁芝忽放金光，葉尖黃氣化作三縷：一縷入地，化為根須深扎黃土；一縷隨風，化作葉片輕搖迎陽；一縷凝露，化作莖稈直立承露。炎帝知其已順“土載四行”之理，遂擇雍州黃土厚處（今隴東高原）栽種。是時春分剛過，地氣上升，草木萌動，正合“春生”之序，黃炁芝落地即生，三日后竟抽新芽，葉色初綠帶黃，如染晨曦之色。
炎帝每日觀察，見其春則葉茂，夏則莖壯，秋則根實，冬則苗枯，全然應和“春生夏長，秋收冬藏”之道。至夏至日，他采一片嫩葉，嚼之微甘帶溫，入喉竟覺胸腹間有暖意流轉，知其性“甘溫”，屬陽，歸脾土之經——蓋因甘入脾，溫助陽，恰合土德之性。
一日，見一農婦產后虛喘，面色蒼白，動則汗出，脈細如絲。炎帝憶仙主“能補人身虧耗”，遂掘其根（彼時已形如圓柱，色黃如蜜），切片煎湯。農婦飲后，半日內喘漸平，汗漸止，次日竟能坐起進食。炎帝嘆曰：“此非仙芝，實乃人間補氣之良材也！”因見其色黃，功主補氣，遂名之“黃芪”（古作“黃耆”，“耆”者，長也，其補氣之長）。
此后，炎帝將黃芪栽種之法傳于百姓：春分時下種，需選向陽坡地（取陽氣溫煦），忌連作（防土氣耗竭），施肥必用腐熟草木灰（木生火，火生土，助其土德），此皆暗合陰陽五行生克之理。
第二卷·岐伯論道，性味歸經
黃帝時代，岐伯為醫官，嘗遍百草，尤精黃芪之性。一日，黃帝問曰：“黃芪補氣動效，其理何存？”岐伯答曰：“天地間，土為萬物之母，人身中，脾為后天之本。黃芪得黃土之精，其氣純陽，味甘厚，甘能補，溫能通，入脾經則助運化，入肺經則固皮毛——脾主肌肉，肺主皮毛，故能止虛汗、實肌腠，此‘天人相應’之顯也。”
為明其理，岐伯帶弟子于不同時節采黃芪：春采其苗，味較淡，氣較薄，僅能清補；夏采其莖，味甘帶辛，氣稍烈，可助升發；秋采其根，味最厚，氣最純，補力最著；冬采則根枯氣散，幾無效用。弟子問曰：“何獨秋根為佳？”岐伯曰：“秋屬金，金生水，而土生金，黃芪得秋收之氣，斂藏于根，故補而不泄，恰合‘秋收’養藏之旨。”
時有獵人入山遇寒，歸后惡寒發熱，汗出不止，鼻塞聲重。岐伯診其脈浮而弱，曰：“此風寒犯表，肺氣不固。”遂以黃芪配伍防風、白術，囑其煎湯服。防風辛溫祛風，白術甘溫健脾，黃芪甘溫固表，三藥相伍，防風得黃芪則不散泄，黃芪得防風則不壅滯，白術助脾以生肺，恰合“相須”“相使”之妙（七情理論中，相須為同類相助，相使為異類相佐）。獵人服一劑，汗止熱退，再劑則鼻塞通，三劑而愈。
岐伯又觀黃芪與他藥相忌：若與萊菔子同用，萊菔子降氣，黃芪補氣，二者“相惡”，藥力互減；若與杏仁同煎，杏仁苦降，黃芪溫升，雖非劇毒，卻“相殺”其功。遂記于《本草經》初稿：“黃芪，甘溫，歸脾肺經，補氣固表，惡萊菔，畏杏仁。”
民間聞之，漸知黃芪非單用藥，需隨證配伍：氣虛甚者配人參，“相須”而補氣更峻；氣虛兼濕者配茯苓，“相使”而補氣滲濕；氣虛兼寒者配干姜，“相使”而溫陽散寒。這些口傳經驗，雖未入典，卻在農舍田埂間代代相傳。
第三卷·四氣應候，六氣調病
周時，氣候異變，某歲屬“火運太過”，夏暑蒸騰，民多倦怠乏力，食少便溏，醫者皆云“暑傷氣，濕困脾”-->>。有老醫家憶岐伯遺訓，以黃芪配藿香、佩蘭，黃芪補氣以抗暑耗，藿香佩蘭化濕以醒脾，竟活人無數。
至“水運不及”之年，冬寒不足，春溫過早，民多“春瘟”，癥見發熱、汗出、氣短，狀似風寒卻無惡寒。名醫醫和診之，曰：“此非外感寒邪，乃春氣升發太過，耗傷肺氣。”遂用黃芪配麥冬、五味子，黃芪補肺氣，麥冬滋肺陰，五味子斂肺氣，三藥合璧，恰應“肺氣宜補、宜滋、宜斂”之需，此“五運六氣”致病，需以藥物性味調和之例也。
某縣有孩童，自幼體弱，每遇秋冬燥氣盛行，便咳嗽不止，痰少而粘，肌膚干燥。其母聽村老“黃芪燉雞湯可補”，遂日日燉服，誰知咳嗽反加重。恰遇路過的草藥郎中，見之曰：“此兒肺燥陰虛，黃芪性溫助燥，單用則‘氣有余便是火’，犯‘虛虛’之戒也。”乃教其以黃芪配玉竹、沙參，黃芪補肺氣之虛，玉竹沙參潤肺燥之實，再燉雞湯，半月后孩童咳嗽漸平，肌膚亦潤澤。
郎中臨行前告誡：“用藥如調陰陽，黃芪雖好，若遇陰虛火旺者（陽盛陰虛）、濕熱內盛者（濕遏熱伏），用之則如火上澆油。需觀其舌：舌淡苔白者可用，舌紅苔黃者當忌。”此語被村人刻于石碑，曰：“黃耆雖良，辨證為先，苔白可進，苔黃莫沾。”