6月30日，當美軍士兵將星條旗插上日軍在加里曼丹島的最后一個據點――巴厘巴板的油田指揮塔時，整個陣地一片死寂。幸存的士兵們癱坐在泥濘里，有的抱著戰友的尸體失聲痛哭，有的望著滿目瘡痍的雨林發呆。這場攻堅戰，日軍三個甲種師團和其余部隊全軍覆沒，12萬人無一生還，而美軍付出了超過15萬人的傷亡代價，創下了太平洋戰場以來最慘烈的紀錄。

清理戰場時，士兵們在日軍的工事里發現了干涸的血跡、空癟的彈藥盒和寫滿日文的家書，那些曾經窮兇極惡的侵略者，最終也只是變成了雨林里的一g黃土。

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經過一個月的休整補充，美軍聯合英軍共160萬兵力，于8月1日正式發起對剩余四島的進攻，代號“南洋清掃”行動。

8月1日清晨，美軍第41步兵師與英軍第18師聯手，在蘇門答臘島北部的亞齊半島登陸。日軍67、68師團雖為警備型師團，但依托海岸線構筑了堅固的防御工事。

盟軍的艦炮火力持續轟擊了兩個小時，將日軍的碉堡炸得粉碎，隨后登陸部隊搶灘上岸。日軍在灘頭陣地與盟軍展開激戰，憑借熟悉的地形頑強抵抗，但失去了海空支援和后勤補給，最終難以抵擋盟軍的攻勢。8月15日，盟軍攻克蘇門答臘島的核心城市棉蘭，全殲島上日軍4萬人，自身傷亡2.8萬人。

8月20日，美軍海軍陸戰隊第5師對蘇拉威西島發起進攻。蘇拉威西島地形復雜，多海灣和山地，日軍69、70師團將主力部署在中部山區。美軍采取“分進合擊”的戰術，一路從北部登陸，一路從南部迂回，兩路大軍對日軍形成夾擊之勢。空軍戰機對日軍的山地據點進行精準打擊，裝甲部隊在平原地區快速推進，切斷了日軍的退路。日軍在山區進行了頑強的抵抗，甚至發起了自殺式沖鋒，但在盟軍的絕對優勢面前，這些抵抗都顯得徒勞。9月2日，盟軍肅清蘇拉威西島全境日軍，共殲滅日軍3.2萬人，自身傷亡1.9萬人。

8月25日，美英聯軍集中優勢兵力，對爪哇島發起總攻。作為日軍在東南亞的核心據點，爪哇島駐守著日軍71-75師團共10萬人。盟軍兵分三路，分別在雅加達、萬隆和泗水登陸，形成合圍之勢。海軍艦隊封鎖了爪哇海，徹底切斷了日軍的海上退路。日軍在市區與盟軍展開巷戰，街道上到處是燃燒的車輛、倒塌的建筑和散落的尸體。盟軍憑借坦克和火炮的優勢，一步步推進，逐街逐巷地清理日軍殘部。9月10日，盟軍攻克日軍在爪哇島的最后一個指揮中心――雅加達總督府，島上日軍10萬人全部被殲，盟軍傷亡3.5萬人。

9月1日，美軍第24步兵師與英軍第7澳大利亞師聯手進攻新幾內亞島。日軍76-80師團共10萬人駐守在此，依托島上的熱帶雨林和山地，試圖復制加里曼丹島的防御模式。但盟軍吸取了加里曼丹島血戰的教訓，提前派出大量偵察機繪制地形地圖，組建了專門的叢林作戰部隊，配備了輕便的叢林裝備和噴火器。

進攻過程中，盟軍先用噴火器燒毀日軍隱藏的叢林據點，再用迫擊炮轟擊日軍的工事，一步步蠶食日軍的防御陣地。日軍的補給線被盟軍切斷，士兵們在饑餓和疾病的折磨下戰斗力大幅下降，不少人選擇投降。9月28日，盟軍肅清新幾內亞島全境日軍，共殲滅日軍10萬人，自身傷亡4.2萬人。

9月30日，隨著新幾內亞島最后一股日軍殘部被殲滅，東南亞五大島的作戰正式宣告結束。這場從1月持續到9月的戰役，盟軍共殲滅日軍40萬人，徹底摧毀了日軍在東南亞的軍事力量，控制了整個東南亞的島嶼群和戰略要道。而美軍的總傷亡人數最終定格在40.4萬人，其中加里曼丹島的傷亡占了近四成，英軍也付出了8.6萬人的傷亡代價。_c