洪承疇接到朝廷準其“犁庭掃穴”并撥付專項錢糧的旨意后，精神大振。

這位明末能臣，其能力在得到充足授權和資源支持后，開始淋漓盡致地展現。

他不再滿足于被動追剿，而是采取了更為主動和系統的策略。

一方面，他利用朝廷撥付的“信用債”資金，聯合部分陜商，在西安、延安等地設立“平準倉”，平價收售糧食，既穩定了糧價，安定了部分民心，也切斷了流寇輕易獲取糧食的渠道之一。

另一方面，他嚴格整肅麾下官兵，斬殺了兩名縱兵搶掠的千總，重申軍紀，并利用沈淵推廣的“標準化”理念，優先為嫡系部隊更換、補充了制式火器，提升了裝備水平。

在軍事上，洪承疇改變了以往分兵把守、被動應敵的做法。

他準確判斷出李自成、張獻忠等部雖合流，但內部派系林立、指揮不一的弱點。

他集中優勢兵力，采取“猛虎掏心”戰術，不再糾纏于小股流寇，而是以精銳騎兵為前鋒，步卒跟進，利用內衛提供的情報（沈淵早已將陜西內衛偵知的流寇活動規律及主要頭目信息共享給了洪承疇），長途奔襲，直撲李自成、張獻忠的老營。

崇禎三年夏，洪承疇部將曹變蛟率鐵騎突襲延安府甘泉縣，大破張獻忠部，迫使其殘部南竄入川。

秋，洪承疇親率主力，于慶陽府一帶咬住李自成部，激戰數場，雖未能將其全殲，但也重創其主力，李自成僅率少數親信逃入商洛山中隱匿。

陜西境內的大股流寇之患，暫時得到了遏制。

洪承疇在報捷奏疏中，再次肯定了“以工代賑”和番薯推廣在穩定后方、減少流民來源上的作用，并請求將此法在陜西常態化。

他的成功，不僅穩固了西北邊陲，更在客觀上為沈淵的新政提供了來自軍方前線最有力的支持。

洪承疇的捷報，讓朝中守舊勢力企圖利用陜西亂局扳倒沈淵的圖謀徹底破產。

他們意識到，直接攻擊沈淵個人，在擁有“讀心術”且態度日益堅定的皇帝面前，難以奏效。

于是，他們的策略開始轉變，從針對個人的攻訐，轉向對改革制度本身的質疑和阻撓。

這一次，他們選擇了沈淵改革中看似最“溫和”，實則影響最深遠的領域——皇明格物院。

以翰林院一位資深講官為首，數名清流官員聯名上疏，不再空談“奇技淫巧”，而是引經據典，從儒家正統出發，對格物院的“合法性”提出質疑：

“陛下，治道在明人倫，格物致知，原為修身正心之階，非為鉆研機巧之途。今格物院所為，舍本逐末，專務器數，長此以往，恐士子趨利忘義，工匠恃技傲物，禮崩樂壞，圣學不彰！請陛下明詔，限定格物院僅為翻譯西書、考據古籍之所，不得妄創新，更不得以官爵俸祿引誘士人沉溺此道，以維世道人心！”

這一攻擊，更為陰險。

它不再糾纏于具體事務的對錯，而是上升到“道統”之爭，試圖從根本上否定科技探索的價值，將格物院限制在故紙堆里。

與此同時，在具體事務上，阻力也以更隱蔽的方式出現。

工部在撥款給“軍械司標準化實驗局”時，開始以“庫銀緊張，需優先保障陵寢修繕、百官俸祿”等理由拖延；漕運系統對登萊水師請求協助進行“海運漕糧試驗”的公文，則采取“研究研究”、“條件不成熟”等官僚手段進行軟抵制。

面對這種更高級別的阻擊，沈淵的應對也更具策略性。