在結束了之前一系列的冒險后，小智、艾莉絲和天桐繼續踏上前往檜垣市參加合眾聯盟的旅程。同行的還有星海博士，她帶著自己那幾只強大的寶可夢，雖然不參加聯盟賽事，但對合眾地區的寶可夢生態研究興致勃勃。一路上，小智滿腦子都是即將到來的聯盟大賽，他不斷地和皮卡丘以及其他寶可夢進行對戰訓練，眼神中充滿了對勝利的渴望。

眾人來到了一個小鎮，這里正在舉辦一場小型的寶可夢對戰比賽。小智一聽到有比賽，立刻來了精神，毫不猶豫地報名參加。在比賽中，他遇到了各種各樣的訓練家，有的訓練家擅長防御戰術，有的則以速度見長。

小智的第一場對戰，對手是一個有著堅固防御型寶可夢的訓練家。對方派出的大巖蛇憑借著堅硬的巖石皮膚和出色的防御技能，將小智的水水獺的攻擊一次次擋下。

小智并沒有慌亂，他觀察著大巖蛇的動作和防御模式，發現大巖蛇在轉身防御時會有一個短暫的破綻。于是，他指揮水水獺使用水槍攻擊大巖蛇的眼睛，趁大巖蛇躲避視線的瞬間，讓水水獺繞到其身后，使用貝殼刃給予大巖蛇重重一擊，成功贏得了這場比賽。

而星海博士則在一旁觀察著比賽中寶可夢的戰斗數據，她手中的記錄儀器不斷閃爍，記錄下各種技能的威力、使用頻率等信息。她的紅色暴鯉龍安靜地待在她身邊，時不時發出一聲低沉的吼叫，仿佛在為比賽中的寶可夢加油。

在比賽的休息時間，小智遇到了一位曾經在其他地區有過一面之緣的訓練家。這位訓練家告訴小智，合眾聯盟的競爭非常激烈，不僅有來自合眾地區的優秀訓練家，還有其他地區前來挑戰的強者。他提醒小智要做好充分的準備，尤其是對于各種屬性寶可夢的應對策略。小智認真地點點頭，將這些話牢記在心。

離開小鎮后，眾人在前往雙龍市的途中，發現了一處神秘的寶可夢遺跡。遺跡的墻壁上刻滿了古老的寶可夢圖案和奇怪的符號，周圍彌漫著一股神秘的氣息。星海博士立刻被吸引住了，她迫不及待地拿出各種探測儀器，開始對遺跡進行研究。

小智和艾莉絲、天桐也好奇地在遺跡中探索。突然，一只神秘的寶可夢從遺跡深處沖了出來，它的身體閃爍著奇異的光芒，速度極快。小智下意識地派出皮卡丘，皮卡丘立刻進入戰斗狀態，全身積蓄著電力。神秘寶可夢發出一道能量波，皮卡丘靈活地跳起來躲避，然后發射出十萬伏特進行反擊。神秘寶可夢輕松地避開了十萬伏特，再次發動攻擊。

星海博士通過儀器分析，發現這只神秘寶可夢的屬性非常特殊，似乎融合了多種屬性的特點。她告訴小智，要小心應對，不能按照常規的對戰思路。小智點點頭，他觀察著神秘寶可夢的攻擊節奏，發現它每次攻擊前都會有一個輕微的身體顫動。于是，他指揮皮卡丘在神秘寶可夢顫動的瞬間進行閃避，并尋找機會發動攻擊。經過一番激烈的戰斗，神秘寶可夢似乎對小智等人失去了興趣，轉身消失在了遺跡深處。

星海博士在遺跡中還發現了一些關于古代寶可夢文明的線索，她興奮地記錄著這些發現，準備回去后進行深入研究。而小智則更加期待在合眾聯盟中遇到更多強大而神秘的寶可夢。

終于到達了雙龍市，這里充滿了龍屬性寶可夢的氣息。小智聽說雙龍市有一位非常強大的龍屬性訓練家，他決定去挑戰一下，以此來檢驗自己的實力。

來到訓練家的對戰場地，對方派出了一只強大的雙斧戰龍。雙斧戰龍揮舞著鋒利的斧頭，發出陣陣咆哮，氣勢十分強大。小智派出了藤藤蛇，藤藤蛇優雅地站在對戰場地，身上的葉子微微擺動。

雙斧戰龍率先發動攻擊，它以極快的速度沖向藤藤蛇，揮舞著斧頭進行劈砍。藤藤蛇靈活地躲避著攻擊，同時使用藤鞭進行反擊。雙斧戰龍的攻擊力非常強大，藤藤蛇的藤鞭被它輕易地砍斷。小智沒有退縮，他鼓勵藤藤蛇繼續戰斗。藤藤蛇集中精神，使用寄生種子，種子迅速附著在雙斧戰龍身上，不斷吸取它的體力。雙斧戰龍感-->>覺到體力在流失，變得更加暴躁，它發動了全力一擊——逆鱗。

逆鱗狀態下的雙斧戰龍攻擊力和速度都大幅提升，藤藤蛇陷入了危險之中。小智心急如焚，他大聲呼喊著藤藤蛇，讓它振作起來。就在雙斧戰龍即將攻擊到藤藤蛇的瞬間，藤藤蛇突然進化成了君主蛇，它的身體變得更加修長，身上的葉子也變得更加鋒利。君主蛇巧妙地避開了雙斧戰龍的攻擊，然后使用葉暴風，強大的風力夾雜著鋒利的葉子，將雙斧戰龍吹得連連后退。最終，雙斧戰龍體力不支，倒在了對戰場地。