彩虹之羽在星海的密封箱里持續發出低頻脈動，頻率與電子時鐘的秒針完全同步。小智第7次從夢中驚醒，總夢見自己站在白銀山頂的彩虹盡頭。只是高原反應后遺癥。喬伊小姐這樣診斷，但星海的便攜終端上，由基拉的腦波圖譜正與彩虹之羽的震動形成完美共振。

博士！大木研究所的傳真機突然吐出帶著焦痕的紙張，枯葉市發電廠出現時空扭曲！三只電擊獸在檢修電路時突然年輕了二十歲！

星海的手指懸停在洛奇亞精靈球上方0.5厘米處。監控屏上，城都地區的森林分布圖正自動重繪——所有線條扭曲成雪拉比的輪廓。

常磐森林的深處出現了反常的光合作用現象：樹木年輪以肉眼可見的速度增長又消退，某些區域甚至同時存在幼苗與枯木。星海蹲在發光的苔蘚前，鑷子尖端夾著一粒違背重力法則懸浮的種子。

這不是普通的時空扭曲。她的檢測儀顯示種子內部存在克萊因瓶結構，有東西在人為制造時間閉環。

小智的皮卡丘突然對著空無一人的林間空地炸毛。星海迅速拋出路卡利歐的精靈球：波導鎖定，九點鐘方向，距離47米！

骨棒破空的瞬間，空氣中浮現出半透明的綠色身影——雪拉比！但這只傳說寶可夢的狀態極不正常：它翡翠色的身軀上纏繞著黑色鎖鏈狀能量，眼睛呈現不祥的猩紅色。

被污染的時間波紋...星海快速分析著能量圖譜，有人用基因之楔碎片強行控制了它！

當雪拉比消失后，森林里留下了更可怕的證據：一塊來自三十年后的精靈球碎片，內部殘留的小磁怪基因序列顯示它曾經歷過七次非自然進化。更令人不安的是，碎片上刻著新火箭隊的標志。

這不可能...小剛的巖石系寶可夢全部在發抖，除非有人改變了歷史進程...

星海突然調出三個月前的數據：記得白銀山的時空裂縫嗎？暗黑洛奇亞不是意外，是某個未來時間線的產物。她的終端正在計算可怕的可能性，有人在利用雪拉比制造時空悖論，企圖重寫整個寶可夢歷史。

追著雪拉比的蹤跡，團隊來到供奉時空之塔的遺跡。墻壁上的壁畫讓所有人血液凝固——畫面顯示小智的皮卡丘在未來變成了機械與血肉結合的怪物，而大木研究所成了軍事基地。

這不是預。星海觸碰壁畫，指尖沾滿新鮮的顏料，是某個未來正在入侵現在。