由于報名從軍人數太多，經過擇優選用，原本計劃征召一萬人組建秦軍的孫傳庭，將人數擴至一萬五千人左右，雖然原先的羅世芳積功升至了游擊，但游擊將軍的權限無法統帶這么多士卒，所以崇禎將遠在山東的周遇吉緊急調派到陜西，擔任了新組建的秦軍副總兵，掌管全軍，崇禎還是要把重要的武裝掌握在自己手中，歷史上的周遇吉已經用實際行動證明了自己的忠義，這支隊伍交到他手里，崇禎還是很放心的，并且周遇吉能力出眾，不怕帶不好隊伍。

主將有了，但新軍缺乏大量的基層武官，千總、把總，隊正這種一線軍官，還是需要實戰經驗豐富的老兵來擔當為好，軍隊的指揮是一門很繁雜的技能，金鼓旗號、隊列排序、臨戰應變等，都必須有應變能力出眾，沉穩冷靜的將官來指揮。

為了彌補這些空缺，孫傳庭向洪承疇發信求援，洪承疇抽調左良玉部下百余人前往孫傳庭處，擔任新軍的基層將官，崇禎從兵部和錦衣衛中挑選數人，來到秦軍擔任軍紀官，用以監督軍隊日常和作戰時的紀律，并對戰果和戰功進行核查，以免有將領貪墨士卒的功勞，這是從沒有過的新生事物。

很多軍隊中以前有太監監軍，但太監自認出自宮中，代表的是皇帝，來到軍務中那就該是超然的存在，軍中上至總兵，下至士卒都得聽自己的，所以基本上都驕橫無比，打罵將領士卒，亂改軍令，干涉主將指揮的事時有發生，所有將領都對此非常不滿，但敢怒不敢，這也是造成明軍士卒士氣懈怠的一個原因之一。

自今年年初開始，崇禎相繼召回部分監軍太監，此事雖然受到軍將們的歡迎和支持，但也引起很多朝臣的質疑，太監監軍雖然有種種弊端，但最大的好處就是，這些兵頭們不敢有其他心思，因為太監可以隨時給皇帝上奏本，匯報軍隊和將領們的異常舉動，沒了監軍，握有兵權的將領是否會有別樣心思，對朝廷的指令是否陽奉陰違，就很難說的清了。

崇禎當然清楚此間的利弊，之所以召回監軍太監，就是防止歷史上太監高起潛率數萬人馬，在距離幾十里的地方，坐看宣大總督盧象升被清軍重兵包圍并殺害的情景出現。

兵部遣人監察軍紀，是作為朝廷的代表，而錦衣衛派員則是代表皇帝，并且崇禎下令，兵部和錦衣衛人員只管軍紀，并記錄日常和作戰時將官士卒的表現，無權插手主將的臨陣指揮，這樣就避免了外行領導內行，使得主將更加專注于作戰指揮。

孫傳庭對安插監軍一事毫無疑義，他認為這本就是應有之意，作為文官，他十分反感有些將領殺良冒功，對朝廷指令置若罔聞之事，大明的官軍就應該屬于皇帝，況且不是太監，而是兵部和皇帝親軍同時監察，這更顯出對朝廷和文官的重視。

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