當然，既然提到了這個議題，孫元化的問題也拿到朝廷上公議，只不過孫元化活不見人，死不見尸，讓崇禎即便是有火也發不出來。對孫元化的處理只能擱置，在確認他的消息之前不做定罪，也不做封賞。并且責成錦衣衛去調查孫元化的情況。

在山東的事情基本議定之后，剩下的就是關于遼東的問題，十幾萬遼東精銳損失殆盡，按照孫承宗的說法，現在的遼東是青弋軍和天雄軍加上遼東軍共同協防，既然盧象升已經成為遼東巡撫，那么天雄軍勢必就要在遼東一帶駐扎，按照孫承宗的想法，天雄軍以后是要駐扎在遼東的，但是現在天雄軍戰損過大，必須要退回到薊鎮或者是北直隸進行休整，而且青弋軍也有損失，并且支援遼東不過是臨時的方略，不可能長期的代替遼東軍駐扎在遼東，以遼人守遼土的總體方略不能變，不可能每次都要依靠全國各地調兵前去長期駐扎，也要考慮到將士們的思鄉心理。不過在此之前，可以讓全國各地的兵力先進入遼東換防，這樣保證傅宗龍手頭有兵力可用。按照目前掌握的情報，金兵和蒙古軍暫時沒有能力再次進行大規模的進攻，所以遼東短時間內是安全的，傅宗龍的壓力不會像孫承宗剛接手的時候那么大。

朝議對于調兵的事項議定的很快。山東剛剛經歷過浩劫，暫時就不調動兵力前去遼東了，這次出兵的主力以北直隸和宣大，薊鎮三個地方為主，這幾個地方離遼東比較近，可以在較短的時間里面湊齊遼東需要的兵馬。按照眾人的商議，薊鎮雖然距離最近，但是出兵最少，因為薊鎮的地理位置同樣重要，況且有上次的經驗教訓，薊鎮不宜空虛。以薊鎮副總兵王杰領兵一萬入衛遼東，山海關徐敷奏領兵五千配合，共計出兵一萬五千人，遼東本地剩余的兵馬還有一萬出頭，再募集新兵，朝廷撥付糧餉，湊足兩萬之數。

因為蒙古諸部被打殘，京畿一帶暫時沒有什么風險，只要薊鎮能擋住，京師就不會面臨己巳之變的情況，所以京營的兵馬不動，調集河南的兵馬北上入衛北直隸，而北直隸河間府，真定府等全部出兵，由在己巳之變中立下大功的楊國棟帶領保定和密云各一部兵馬匯集北直隸南部的衛所兵馬，合計兩萬五千馳援遼東，并且朝廷急調宣大軍，統一由侯拱極率領，一共兩萬人入衛遼東。這樣各方兵馬加起來約有八萬人，加上目前還在遼東的青弋軍和天雄軍，一共十萬大軍共同協防遼東。遼東應當是安然無恙。

等到各地的兵馬匯聚到遼東之后，按照天雄軍在先，青弋軍在后的順序，進行撤離，并且加大力度在寧遠周邊招募新兵，而盧象升回到薊鎮和北直隸之后也要在當地募集新兵將天雄軍重新恢復到一萬人的編制，不過崇禎以為天雄軍的軍力還可以再加強一些，至于這件事的原因，沒有人知道崇禎的想法，或者說崇禎的真正用意只有他自己知道。隨后崇禎要求這些軍隊不論是前往遼東還是從遼東撤回都不必進京述職，以時間為重。

十一月的第一天，孫承宗從京師離開，前往高陽老家。孫承宗的時代落下了帷幕。