新式醫學將中西方的草藥學、經驗醫學和最新的化學醫藥學研究融合于一體，沒有一個開明而又知識淵博的學者帶領，新式醫學就有可能走上歪路，變成神秘學和迷信相結合的巫醫。這是我所不愿意看到的，為了新式醫學的健康成長，我希望皇帝陛下能夠召回吳先生，讓他接管這兩所醫學機構…”

同鄧玉函交談了半個多小時，看著他再次劇烈的咳嗽起來后，朱由檢不得不起身告辭，讓鄧玉函服藥休息了。朱由檢從鄧玉函家中離開時，不由對著身邊那位舉止從容的年輕人問道：“你師兄叫鄭元藏，那么你又叫什么名字？聽你的口音倒像是山西人？”

這位年輕人拱手行禮后，恭敬的對崇禎回道：“臣傅鼎臣，正是山西陽曲人，拜入恩師門下，還不足半年。”

朱由檢對著他點了點頭說道：“好，你和你師兄好好服侍鄧先生，有什么要求，或是什么消息，便傳給這邊的管事，讓他們通報于朕…”

在金尼閣的家門口，朱由檢剛好遇到了替金尼閣檢查完身體的太醫，他隨即向這位太醫詢問起了關于金尼閣的病情。

這位太醫面露難色的對著崇禎回道：“陛下，請恕臣等無能，這位金傳教士雖然年紀還沒過六十，但是此前他數次往來重洋，身體虧空太多，現在已經到了油盡燈枯的狀況，恐怕歸去之期也就在這幾日了。”

朱由檢躊躇了一下，便再次問道：“那么，朕現在進去，他能夠正常和朕交談嗎？”

太醫點了點頭說道：“陛下想要同他交談并沒有什么問題，臣剛剛檢查過，現在他的神智還是很清楚的。”

朱由檢吐了口氣說道：“那就行，你且忙自己的事去吧。”

走入了金尼閣的房間后，朱由檢才發現還有兩位耶穌會的教士也在房間內陪伴著金尼閣。兩人見到崇禎到來之后，趕緊上前向他行禮問好。

朱由檢和兩人簡單的寒暄了幾句，便坐到了金尼閣的床前，同躺在床上的金尼閣開始交談了起來。原本沒有什么精神的金尼閣，看到崇禎進門之后，倒是恢復了一些精神，他讓耶穌會的同仁給他扶起，便半靠在床邊同皇帝交談了起來。

和鄧玉函不同，金尼閣念念不忘的還是耶穌會的傳教事業，他也清楚自己的時間已經不多，便迫不及待的再次向崇禎提道：“皇帝陛下，這幾年來，耶穌會中國分會得到了陛下的庇護，終于能夠進入了中國的都城，對于皇帝陛下的恩惠，外臣實在是感激不盡。

為了回報陛下的恩惠，外臣遵從了陛下的指示，所有耶穌會在中國的教士們，都在努力的翻譯著從歐洲帶來的書籍。如果不是外臣的身體健康問題，外臣其實還是愿意繼續等待下去，等待陛下準許我天主教在中國公開傳教的一天。

但是，以外臣現在的身體狀況，顯然已經不太能夠等待下去了。因此外臣在回歸主的懷抱之前，希望能夠獲得陛下的準許，準許我們耶穌會能夠在陛下統治下的范圍內自由的傳教。則我耶穌會中國分會的同仁，都愿意為了陛下的光輝事業奉獻自己。”

朱由檢并沒有立即作答，而是先環顧了房間內一眼，對著其他人說道：“你們先退出去吧，朕希望能和金尼閣先生單獨談談。”

兩名耶穌會的傳教士和呂琦等人退出了房間之后，朱由檢才起身對著金尼閣恭恭敬敬的拱手行了一禮，在金尼閣詫異于崇禎為何對著自己行禮時，朱由檢才重新坐下對著他抱歉的說道。

“金尼閣先生和耶穌會中國分會的諸位傳教士，為我大明帶來了數千部書籍，還組織人手將之翻譯成了中文，為歐洲和我大明的文化交流做出了杰出的貢獻。在這一點上，朕要對你和諸位傳教士表示感謝，這一禮朕施的心甘情愿。

但是對你最后的請求，朕卻只能抱歉的再次拒絕，因為朕以為，開放傳教的時機還沒有到來。”

金尼閣對于皇帝的回答甚為失望，但他還是心有不甘的向崇禎詢問道：“就外臣同陛下這段時間的接觸看來，皇帝陛下對于我天主教的**也并不是那么抵觸，陛下也曾經說過，人民應當有信仰宗教的自由。而大明境內現在也不止一兩種宗教，為何陛下不能對我天主教網開一面呢？”

朱由檢拍了拍金尼閣的手臂，讓他的情緒重新安寧下來之后，才真誠的說道：“金尼閣先生說的不錯，朕的確說過人民應當有宗教信仰的自由，但是這里應當有一個前提，人民應當擁有分辨什么是信仰和什么是迷信的能力…